Vamos a ver si lo aclaramos de una vez por todas. Hay que tener una serie de conceptos claros.
Primero de todo, el compás se define por la función que tiene. Segundo de todo, el metrónomo no tiene valor por sí solo, es un mero pulso continuo al que tú otorgas una unidad concreta, que puede ser negra, corchea, negra con puntillo, etc.
Si tú pones el guitar pro, evidentemente te va a hacer movidas raras al pasar de 3/4 a 6/8 porque, como dije en su momento, al poner ese cambio en la partitura, si quieres usarlo como un mero cambio de feel en el que pasa a ser atresillado, TIENES que poner la modulación de negra a negra con puntillo. De lo contrario, las corcheas siguen teniendo el mismo valor y se produce el "cambio de tempo", como harían los Dream Theater, mismamente.
No le deis más vueltas de las que tiene porque en realidad es muy simple, teoría pura y dura: los compases tienen una función atribuida y ya se ha puesto unas pocas veces las que son.