Hola, yo tambien tuve ese problema cuando empece a usar ezdrummer.
Mi solucion:
Usar el programa etrigger con el que puedes configurar manualmente el control cc#4(control del pedal de charles). Con este programa puedes ir ajustando la nota que va al l ezdrummer que quieres que salga segun tengas pisado el pedal.
Ademas del etrigger necesitaras el midijoke.
Otra solucion que encontre fue abrir el ezdrummer en el toontrack solo, este tiene por arriba un menu en el que seleccionas algo asi como electronic drums y ya funciona perfectamente el control del charles. Claro que el toontrack solo no te permite grabar, solo sirve para tocar en directo.
un saludo